I prodotti dei geni HLA, conosciuti come “antigeni HLA”, sono espressi sulla superficie delle cellule. Grazie a tali antigeni i linfociti di ogni individuo “tollerano” le cellule del proprio organismo, mentre riconoscono come estranee le cellule che portano antigeni HLA diversi, cioè provenienti da un individuo diverso, e si attivano contro di esse provocando reazioni citotossiche.

Di conseguenza è evidente come pre-requisito di fondamentale importanza per il successo del trapianto allogenico sia che ricevente e donatore abbiano un sistema HLA il più possibile simile, in modo da limitare il rischio di rigetto da una parte (i linfociti del paziente distruggono le cellule del donatore) e di Malattia del Trapianto contro l’Ospite dall’altra (i linfociti del donatore colpiscono i tessuti del ricevente provocando il quadro della GVHD).

I geni del sistema HLA hanno la caratteristica di essere estremamente variabili da individuo ad individuo. Tale variabilità è ristretta tra i consanguinei, dove ogni fratello ha una probabilità del 25 % di essere HLA compatibile col paziente, mentre è molto elevata al di fuori dell’ambito familiare.
Per dare la possibilità di trovare un donatore anche a quei pazienti che non possiedono un donatore familiare compatibile sono state create le “banche” di midollo osseo, contenenti i risultati della tipizzazione HLA di milioni di donatori volontari, e le “banche” di sangue di cordone ombelicale.